Se sabe poco sobre su juventud, pero se crió en una familia de músicos. Su hermano Peter Albrecht Hagen (también llamado Peter Albert van Hagen, 1714 - 12 de septiembre de 1777) estudió violín con Francesco Geminiani, aprendió a tocar el laúd y el órgano y fue organista en Róterdam. Se conservan varias transcripciones de las obras para violín de Geminiani para laúd realizadas por J.B. Hagen. El joven Bernhard Joachim Hagen también debió aprender a tocar el laúd y el violín a temprana edad, pues en 1737 ya trabajaba como asistente del virtuoso del violín y maestro de capilla de Bayreuth, Johann Pfeiffer; más tarde fue incluido oficialmente como violinista de la corte. Mantuvo este puesto en la corte de Bayreuth y desde 1769 en la de Ansbach hasta su muerte. Adam Falckenhagen y Charles Durant (Karol Duranowski), también llamado a la corte de Bayreuth por Guillermina de Bayreuth, pudieron haberlo entrenado aún más en el laúd. En 1745, Hagen se casó con Anna Fikentscher (nacida en Bayreuth; fallecida el 22 de mayo de 1789 en Ansbach). Entre 1760 y 1761 visitó a su hermano en Rotterdam y allí dio cinco conciertos desde noviembre hasta marzo.

Hagen trabajó en la corte de Bayreuth como violinista y laudista, y sus virtuosas interpretaciones y composiciones para laúd eran conocidas y apreciadas. Es uno de los compositores para laúd más importantes de la era posterior a Sylvius Leopold Weiss, y mucho más importante que sus maestros Falckenhagen y Durant. Su estilo está marcado por la Empfindsamkeit y el comienzo del periodo Sturm und Drang. En la música de Hagen se percibe claramente la influencia de Carl Philipp Emmanuel Bach. Gracias a los esfuerzos de la margravina Wilhelmine, la música para laúd floreció por última vez en el siglo XVIII antes de ser redescubierta en el siglo XX.

Las 33 conocidas composiciones de Bernhard Joachim Hagen se encuentran en la Biblioteca Estatal y de la Ciudad de Augsburgo como una gran torre de tabulacista cronificadora en el objeto frúcido III de la música, como sigue:

• 12 Sonatas para el solo de laúd
• 6 Tríos para laúd, violín y violoncello
• 2 conciertos ruidosos
• 1 Dúo para dos laúd
• 1 Dúo para laúd y violín
• Numerosos arreglos fonéticos de composiciones de Geminiani, Locatelli, Arne y otros.
• Solo para violín y basso en la colección Flotow Bayreuth (City Archives), grabado en el CD Bayreuth Hof Musique.

Las obras en solitario y el dúo c menor (1983) y música de cámara (1984) y música de cámara (1984) se volvieron a poner a disposición como ediciones facsímiles, ambas publicadas por Joachim Trekel Musikverlag en Hamburgo.

Grabado en CD por el calumnista barroco Robert Barto está disponible entre otros:

• Joachim Bernhard Hagen, Solo Works for Lute: Five Sonatas, Locatelli Variations (Naxos 8.554200)
• Bernhard Joachim Hagen, Sonata - Liuto en solitario (Symphonia Sy98164)
• Hagen: The Augsburg Manuscript Music for laúd (Pan Classics PC10267)

Algunas de sus obras, que fueron listadas en el catálogo de Breitkopf en 1769, se consideran perdidas.